就全国范围来讲，试验性的效益审计可以从较大城市开展，如直辖市、计划单列市和省会城市等。这些地方审计覆盖面不大，审计资源比较集中，相对来说，财政资金充裕，可选择审计项目丰富，政府运作较为规范，立法机构态度积极，社会关注和支持的程度也较高。最初的绩效审计，选择项目至关重要。 一般要考虑两方面的相关因素：一方面是项目的重要性和风险性可能存在较大问题及有较大的可改善空间；另一方面是审计机关力所能及，包括明确的审计目标，适当的评价标准，可获得的信息和资料，还有足以胜任的审计人员。
研究审计对象和选择审计项目是很重要的工作，在审计准备阶段，要比以往的财务审计增加成倍的调查和分析，才可以把待定的绩效审计项目有把握地纳入年度计划并作出审计方 案。公共资源用途广泛，政府部门职能各异，审计机关只能量力而行对每项绩效审计的目标和范围作出恰当的限定。为了避免出现事倍功半的审计结果，可以选择一项财政资金使用的某个方面或某个环节，进行专项绩效审计，也完全可以在经济性、效率性和效果性的某一方面有所侧重。
本身就没有绩效要求的审计更难取得审计的绩效。所以，审计机关的管理层要能够控制和指导全部审计过程，不使偏离目标和浪费资源，并帮助审计人员适时调整策略和积累经验。目前绩效审计报告的写法暂无一定之规，通常应首先说明审计的目标、范围和方法，然后主要报告审计结果，并需要阐明审计的依据和结论，再提出审计建议，有必要还须反映被审计及有关单位的意见。美国统效审计报告准则对报告表述的要求是：完整、准确、客观和有说服力，并尽可能通俗易懂和简炼。需要指出的是，与许多国家不同，法律授权我国审计机关对被审计单位下达审计意见书，对审计事项作出评价，并对违法违规行为下达审计决定书，依法给予处理和处罚，绩效审计并无例外。那么，直接督促被审计单位改进工作，又向政府、人大报告审计结果，可能成为我国绩效审计的一个特点。
我国开展政府绩效审计的初期，除了安排一定数量单独的绩效审计项目外，也可以在其他项目里包含绩效审计的内容，把绩效审计同财政财务收支审计、专项资金审计、政府投资项目审计和经济责任审计结合起来，同时进行真实、合法、效益的检查和评价。在其他类型和方式的审计中适当增加绩效审计的成分，既可以开拓这些审计的广度和深度，提升审计成果的质量，又可以突破传统财务审计方法，培养训练审计人员。从当前情况看，要重点抓住财政专项资金和重要的政府投资项目。这些资金和项目具有财政投入大，政策性强，社会关注的特点，有的还直接关系到人民群众的切身利益和社会稳定。而且从以往情况看，由于管理和机制等方面的原因，这些方面存在的问题也不少。由此入手开展绩效审计，容易取得新效果，实现突破，摸索积累经验。
我国各级审计机关隶属于政府，对本级政府负责并报告工作。因此，绩效审计首先必须得到政府和党政领导的重视和支持，才可能创造一个良好的政治环境。审计机关要进一步通过宣传做工作，通过工作做宣传，使党政领导清楚，绩效审计能够在转变和优化政府职能、提高公共资源使用效益、服务社会大众等许多方面，发挥更加积极的作用。审计机关要更主动、密切地联系人大及有关部门，把效益审计作为一个经常性的汇报和讨论的题目。还可以尝试建立一个专家咨询网络，在一些专业性很强的效益审计项目上，及时听取专家意见，必要时聘请专家参加审计。新闻界会关注绩效审计的内容和结果，审计人员要善于通过媒体宣传审计成果，普及绩效审计意识，争取广泛的信任和支持。在政府、人大和媒体等各方面的推动下，政府绩效审计一定会逐渐走入社会、 走入公众。
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